Крестовоздвиженский собор, церковь Кирилла и Мефодия

Вы про панорамную или композитную технику?
Если про объединение кадров панорамы, то там всё просто - сначала идёт сшивка через специальную программу (в данном случае PTGui), после сборка в ФШ - прорисовка маски для накладываемого слоя, подгонка переходных областей по цвету и яркости. Если речь про композитки - совмещение кадров, снятых в разное время, тут всё чуть менее конкретизировано - как правило с кадра с небом берутся и крыши, на которые может накладываться искусственное освещение (по яркостной маске) и точно так же как при сборке панорамы выравнивается яркость и тон. В данном случае всё ещё сложнее - мало того что небо снято чуть позже основного кадра, так ещё и снимок сделан уже с рук, когда штатив был сложен - соответственно пришлось повоевать не только с тоном и яркостью, но и с параллаксом. Проще всего оказалось совместить кадры по нижнему участку облачности.